La Conferenza di Scienze si è costituita formalmente in associazione il 25 settembre del 2002, raggruppando i Presidi delle Facoltà di Scienze Matematiche Fisiche e Naturali (secondo la denominazione più comune) e le Facoltà di Scienze o di Scienze e Tecnologie esistenti negli atenei italiani. La quasi totalità delle Facoltà esistenti ha partecipato alla Conferenza, rinnovando di anno in anno l'adesione. Nel 2006 e nel 2008 sono state apportate modifiche allo statuto per avere nuove articolazioni; un Consiglio Direttivo, affiancato da un organo che raggruppava i Coordinatori nazionali dei corsi di studio, con la nascita di un coordinamento nazionale dei Coordinatori dei Corsi di Laurea, le cui Classi di Laurea erano state definite nelle diverse fasi della riforma dei corsi universitari (L. 509/99, L.270/2004 e successivi decreti).

Con il superamento delle Facoltà e la creazione delle nuove strutture Dipartimentali, a seguito della riforma (legge 240/2010 e decreti attuativi) la Conferenza si trasforma da Conferenza Nazionale Permanente dei Presidi delle Facoltà di Scienze e Tecnologie in Conferenza Nazionale dei Presidenti e dei Direttori delle Strutture Universitarie di Scienze e Tecnologie, intendendo così sia le Scuole o Facoltà (ove esistenti) con competenze di coordinamento e i Dipartimenti (di ambito scientifico) con dirette responsabilità nella didattica e nella ricerca. La Riforma Gelmini si è infatti attuata in modi diversi negli atenei: nella maggior parte di essi non sono state create strutture di coordinamento a livello di Scienze di base, ma vi sono solo i Dipartimenti.

Il numero delle strutture potenzialmente interessate e facenti capo alle aree CUN 01, 02, 03, 04, 05 sono oggi numerose e tra Dipartimenti monotematici (di singola area) o interdisciplinari (con due o più aree) si possono contare circa 150 strutture dipartimentali. A queste si aggiungono una decina di strutture di coordinamento, con deleghe più o meno rilevanti. Con il nuovo statuto del 7 giugno 2012 le strutture della Conferenza si sono articolare per tener conto delle modifiche introdotte dalla riforma; accanto all'Assemblea delle strutture associate che si riunisce almeno due volte l'anno, vi è un Consiglio Direttivo più esteso che si comprende i coordinatori delle aree disciplinari (Matematica, Informatica, Fisica, Chimica, Scienze della terra, Biologia). Le aree stesse, che comprendono dalle venti alle cinquanta strutture, si possono riunire separatamente in assemblee di area, coinvolgendo anche i responsabili dei corsi di Studio di competenza. Il Consiglio Direttivo si riunisce frequentemente e alle riunioni partecipano anche i rappresentanti CUN delle arre scientifiche i coordinatori nazionali dei collegi dei responsabili dei Corsi di studio e membri di commissioni di studio permanenti.

L'azione della Conferenza si esercita nella discussione dell'assetto universitario nel campo scientifico, nel dibattito sulla politica universitaria, nel confronto tra le strutture a livello internazionale, contribuendo all'elaborazione dei temi dell'università, della cultura scientifica, della formazione degli insegnanti, della valutazione della attività scientifica, dell'organizzazione didattica, in costante confronto e dibattito con il CUN, la CRUI, l'ANVUR, il MIUR, offrendo indicazioni, partecipando a studi nel campo di competenza, organizzando dibattiti e confronti. La Conferenza, con le altre Conferenze esistenti, partecipa all' Interconferenza, che promuove a sua volta un monitoraggio sullo sviluppo della riforma universitaria. Tra le attività svolte negli ultimi dieci anni va ricordata la promozione del Piano Lauree Scientifiche del MIUR, oggi esteso a tutte le discipline di scienze di base, l'impegno nel campo della formazione insegnanti in collaborazione con le società scientifiche e la messa a punto di test di verifica e selezione in ingresso con coordinamento a livello nazionale.